Koomesh journal
كومش
Koomesh
Medical Sciences
http://koomeshjournal.semums.ac.ir
47
journal47
16087046
10.52547/koomesh
fa
jalali
1394
6
1
gregorian
2015
8
1
17
1
online
1
fulltext
en
مطالعه بیوانفورماتیکی بیماری ورم پستان گاو ایجاد شده توسط لیپوپلی ساکارید اشرشیاکلی با استفاده از دادههای ریزآرایه
Bioinformatics analysis of E. coli causing mastitis in Holstein dairy cattle by usingmicroarray data
عمومى
General
پژوهشي
Research
سابقه و هدف: به منظور توسعه استراتژیهای جدید برای جلوگیری از ورم پستان از
نوع اشرشیاکلی، داشتن فهم درست از جزئیات و مکانیسمهای مولکولی درگیر در پاسخهای
ایمنی میزبان به این باکتری ضروری میباشد. در این تحقیق با استفاده از اطلاعات
ترانسکریپتومیکس موجود به مطالعه بیوانفورماتیکی این بیماری پرداخته شد. مواد و روشها: دادههای حاصل از مطالعه گیلبرت و همکارانش که با استفاده از تکنیک ریزآرایه انجام شده بود از سایت GEO استخراج گردید. بر اساس دادههای
استخراج شده با استفاده از پایگاه داده String برهمکنش بین پروتئینها شناسایی
شده و توسط نرمافزار Cytoscape شبکه برهمکنش پروتئین – پروتئین آن رسم گردید. آنالیزهای
شبکه جهت یافتن هابها و دستهبندی بر اساس GO برای هر شبکه توسط CluGO-Clue-pedia انجام شد. یافتهها: شبکه برهمکنش پروتئین
- پروتئین از ژنهایی با بیان متفاوت در بافت پستان گاو آلوده شده با لیپوپلی
ساکارید برگرفته از باکتری E. coli بعد از گذشت 3 و 6 ساعت تعیین شد. بخشهای مشترک دو شبکه انتخاب
شد و در آنالیز شبکه حاصله، ژنهای IL6، IFIH1، PARP14 ،IL1B ،ISG15 ،GRO1 ، IFIT3، CCL5، ICAM1، IRF9 و NOS2 دارای بیشترین درجه بودند که به
عنوان هابهای شبکه عمل میکنند. آنالیز خوشهبندی بر اساس GO، مهمترین فرآیندهای بیولوژیکی،
عملکردهای ملکولی، جایگاه سلولی، فرآیندهای سیستم ایمنی و مسیرهای حاکم بر اساس
پایگاه KEGG تعیین شد. نتیجهگیری: نتایج نشان داد که با افزایش زمان حضور پاتوژن در میزبان
تعداد برهمکنشها در پروتئینهای هاب همراه با افزایش است بنابراین این پروتئینها
میتوانند کاندیدای هدفهای دارویی باشند
Introduction: Mastitis is the inflammation of the mammary gland. One
of its major pathogens is Escherichia coli. In order to develop new strategies
for prevention of E. coli causing mastitis, it is necessary to have a clear
understanding of the details and molecular mechanisms involved in host
immunological responses to the pathogen. In this study by using available
transcriptomic data, bioinformatics analysis of the diseases was performed. Materials and Methods: The data in this study was extracted from GEO web site,
based on Gilbert’s microarray study on the mammary tissue transcriptome.
Protein-protein interactions (PPIs) were identified by using String database
and PPI networks generated by using Cytoscape software. In order to recognize
and cluster the hubs based on GO, the network analysis was carried out by using
ClueGO-Clue-Pedia. Results: The
PPI network resulted from differentially expressed genes (DEGs) in contaminated
mammary tissue with E. coli crude lipo-polysaccharide (LPS) were determined
after 3 and 6 hours. PPI network was performed from common segments of the two
PPI networks. Analysis of this new network showed that genes (IL6, IFIH1,
PARP14, IL1B, ISG15, GRO1IFIT3, CCL5, ICAM1, IRF9 and NOS2) had the greatest
degree and function as hubs. The most significant biological processes (BP),
molecular functions (MF), cellular compartments (CC), immunological system and
dominant pathways based on KEGG database were identified through GO-based
cluster analysis of the network. Conclusion: This
study suggests that expansion of pathogen presence in the host tissue would
lead to the increase in the number of interactions in the hub proteins. So
these proteins can be introduced as drug targets.
اشریشیاکولی, التهاب پستان گاو, نقشههای برهمکنش پروتئین, تجزیه و تحلیل ریزآرایه, ترانسکریپتوم
Escherichia coli, Mastitis bovine, Protein interaction maps, Microarray analysis, Transcriptome
214
223
http://koomeshjournal.semums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-2653-3&slc_lang=en&sid=1
صمد
وجدی حکمآباد
4700319475328460017745
4700319475328460017745
No
صادق
علیجانی
4700319475328460017746
4700319475328460017746
No
حسین
دقیقکیا
4700319475328460017747
4700319475328460017747
No
حکیمه
زالی
h.zali@sbmu.ac.ir
4700319475328460017748
4700319475328460017748
Yes
سهیلا
خداکریم
4700319475328460017749
4700319475328460017749
No
محسن
بیگدلی پاشایی
4700319475328460017750
4700319475328460017750
No