هدف: گاستروانتریت حاد یک اختلال شایع است که 12-8% از مراجعه‌های سرپایی کودکان را شامل می‌شود. عفونت‌های کمپیلوباکتر و سالمونلا حدود 4/8% و 11% از موارد اسهال جهانی را شامل شده که مرتبط با عوارض و بیماری‌های خارج روده‌ای می‌باشند. با توجه به اهمیت این باکتری‌ها در بیماری‌های کودکان، هدف از این مطالعه تعیین میزان عفونت با سالمونلا، گونه‌های کمپیلوباکتر و هم‌چنین بررسی فراوانی ژن کد‌کننده‌ی Cytholethal distending toxin در بروز اسهال ناشی از جامعه در کودکان مبتلا در نظر گرفته شد. مواد و روش‌ها: نمونه مدفوع کودکان مبتلا به اسهال از بیمارستان‌های کودکان شهرهای همدان، اردبیل، بندرعباس و بیمارستان‌های علی‌اصغر و کودکان مفید در تهران جمع‌آوری شدند. DNA ژنومی از نمونه‌های مدفوع با استفاده از کیت استخراج گردید. حضور جنس و گونه‌های کمپیلوباکتر ژژونی و کولی، ژن cdtB کمپیلوباکتر و جنس سالمونلا از طریق پرایمرهای اختصاصی بررسی شد. هم‌چنین کمینه تشخیص (LOD) این باکتری‌ها در نمونه‌های مدفوع به روش PCR تعیین گردید. یافته‌ها:بررسی نتایج آزمایشگاهی میزان LOD جهت شناسایی مستقیم را 100 باکتری در هر گرم مدفوع تعیین گردید. بر این مبنا از میان 144 نمونه مدفوع کودکان مبتلا به اسهال حاد، یک مورد از نظر حضور کمپیلوباکتر ژژونی مثبت گردید. این نمونه از نظر حضور ژن cdtB نیز مثبت بود. حضور جنس سالمونلا در دو نمونه از بیماران مثبت گزارش شد (4/1%). نتیجه‌گیری: نتایج این مطالعه میزان فراوانی کمی از ابتلا به باکتری‌های کمپیلوباکتر و سالمونلا در نمونه‌های تحت بررسی را طی پاندمی کووید19 در کودکان زیر 5 سال نشان داد. بررسی این نمونه‌ها از نظر ابتلا به ویروس‌ها و سایر عوامل میکروبی می‌تواند سبب‌شناسی بروز اسهال در کودکان مراجعه‌کننده به بیمارستان‌ها را روشن‌تر نماید.
