|
استفاده از سه روش مولکولی متفاوت در شناسایی الگوی ژنتیکی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس ژنوتایپ بیجینگ
|
مهدی کاظم‌پور دیزچی   ، محمدرضا مسجدی ، علی‌اکبر ولایتی ، الهه تاج‌الدین ، پریسا فرنیا ، محمد کارگر ، جمیله نوروزی ، مجتبی احمدی |
|
|
|
چکیده: (14426 مشاهده) |
| سابقه و هدف: سویه بیجینگ بیش از 4/1 مایکوباکتریوم توبرکلوزیس در سرتاسر جهان را تشکیل می‌دهد. این سویه ویژگی‌های مهمی از جمله داشتن ارتباط با مقاومت چند دارویی دارا می‌باشد. هدف از این مطالعه شناسایی الگوی ژنتیکی سویه‌های بیجینگ (Beijing ) با استفاده از روش‌های اسپولیگوتایپینگ، تایپینگvariable number tandem repeat (VNTR)و RFLP-IS6110 می‌باشد.
مواد و روش‌ها: سویه کشت مثبت 238 مسلول ریوی (سال 1387-1386) با استفاده از روش اسپولیگوتایپینگ تعیین شد. سپس سویه‌های بیجینگ جدا شده به روش RFLP و VNTR مورد بررسی قرار گرفتند. آنالیز داده‌های RFLP با استفاده از نرم‌افزار Gel campair صورت گرفت و داده‌های اسپولیگوتایپینگ پس از مقایسه با اطلاعات موجود در بانک جهانی اسپولیگوتایپینگ (SPOLDB4) آنالیز شدند. با روش VNTR تنوع آللی 9 لوکوس
MPTR-A) ، ETR-A، ETR-B، ETR-C، ETR-D، ETR-E، ETR-F، QUB 11b،(QUB3232 در سویه‌های بیجینگ بررسی شد. با استفاده از آزمون (HGI) Hunter Gaston Index تنوع اللی هر یک از لوکوس‌ها در سویه‌های بیجینگ محاسبه گردید.
یافته‌ها: روش اسپولیگوتایپینگ، 8 گونه مایکو باکتریوم توبر کلوزیس(EA12, EA13, T, U, Haarlem CAS 2, CAS 1, Beijing) را شناسایی کرد. با ا ستفاده از روش VNTR typing ، لوکوس QUB 3232 به عنوان لوکوس بسیار افتراق‌دهنده (HGI ≥ 0.6) و لوکوس‌هایETR-F ، ETR-E و QUB 11b به عنوان لوکوس‌های افتراق‌دهنده متوسط (HGI ≥ 0.4-0.6) و سایر لوکوس‌ها به عنوان ضعیف‌ترین لوکوس افتراق‌دهنده در سویه‌های بیجینگ ، شناسایی شدند. در روش VNTR typing،10 سویه (77%) و در روش RFLP، 13سویه از 13 سویه بیجینگ (100%) الگوی متفاوت از خود نشان دادند.
نتیجه‌گیری: تنوع در الگوی ژنتیکی نشان‌دهنده فعال شدن مجدد (reactivation) در جمعیت مورد بررسی می‌باشد. به دلیل هزینه بالا و اتلاف وقت در روش RFLP، می‌توان از روش VNTR typing همراه با اسپولیگوتایپینگ برای مطالعات اپیدمیولوژی مولکولی سل استفاده کرد |
|
| واژه‌های کلیدی: اسپولیگوتایپینگ، VNTR typing، RFLP، مایکوباکتریوم توبرکلوزیس، ژنوتایپ بیجینگ |
|
|
متن کامل [PDF 293 kb]
(4874 دریافت)
|
نوع مطالعه: كاربردي |
موضوع مقاله:
عمومى
دریافت: 1388/7/29 | پذیرش: 1393/11/20 | انتشار: 1393/11/20
|
|
|
|
|
|
