|
خوشه‌بندی داده‌های بیان ژنی و کاربرد آن در تحلیل افتراق انواع سرطان خون
|
محسن واحدی   ، حمید علوی مجد ، یدا. . محرابی ، بهار نقوی |
|
|
|
چکیده: (17889 مشاهده) |
| سابقه و هدف: یکی از شاخه‌های مهم بیوانفورماتیک فناوری ریزآرایه DNA است که امکان بررسی بیان هزاران ژن را به طور هم‌زمان در حداقل زمان ممکن می‌سازد که در سال‌های اخیر موجب تولید حجم انبوهی از داده‌های بیان ژنی شده است. تحلیل آماری این داده‌ها شامل نرمال سازی، خوشه بندی، طبقه بندی و ... از جمله روش‌های مورد استفاده در تحلیل این نوع داده‌ها است.
مواد و روش‌ها: در این مقاله داده‌های بیان ژنی سرطان خون گلوب و همکاران (1999) که بر اساس روش آرایه الیگونوکلئوتید تولید شده و از طریق اینترنت در اختیار عموم قرار دارد، با استفاده از روش‌های آماری مقیاس‌بندی چند بعدی، خوشه‌بندی سلسله مراتبی و غیر سلسله مراتبی مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفته است. مجموعه داده‌ها شامل 20 بیمار مبتلا به سرطان خون لنفوئیدی حاد (ALL) و 14 بیمار مبتلا به سرطان خون میلوئیدی حاد (AML) است. در هر دو روش خوشه‌بندی، داده‌ها به دو خوشه تقسیم شدند. روش‌های مختلف خوشه‌بندی با توجه به گروه‌بندی واقعی نمونه‌ها (ALL،AML) مورد مقایسه قرار گرفتند. نرم افزار R برای تحلیل داده‌ها استفاده شد.
یافته‌ها: ویژگی روش خوشه‌بندی سلسله مراتبی تقسیمی در تشخیص افراد ALL، ٧٥ درصد و حساسیت آن 92 درصد بدست آمد، ویژگی روش افراز کردن اطراف میدوئید در تشخیص افراد ALL، ٩٠ درصد و حساسیت آن 93 درصد بدست آمد که نشان‌دهنده عملکرد خوب این دو روش است. یکی از نمونه‌ها که بر اساس یافته‌های بالینی در گروه AML قرار دارد طبق نتایج تمام روش‌های خوشه‌بندی مورد استفاده در گروه ALL قرار گرفت که از نظر بالینی می‌تواند قابل توجه باشد.
نتیجه‌گیری: با توجه به انطباق قابل توجه نتایج خوشه‌بندی با گروه‌بندی واقعی داده‌ها، می‌توان از این روش‌های آماری در مواردی که اطلاع دقیقی از گروه‌بندی واقعی داده‌ها در دست نیست، استفاده کرد. به علاوه نتایج خوشه‌بندی ممکن است زیرگروه‌هایی از نمونه‌ها را به نحوی متمایز کند که برای انطباق آن با یافته‌های بالینی، پژوهش‌های آزمایشگاهی یا بالینی جدیدی لازم باشد. |
|
| واژه‌های کلیدی: بیوانفورماتیک، ریزآرایهDNA، بیان ژن، خوشه بندی، سرطان خون |
|
|
متن کامل [PDF 268 kb]
(5818 دریافت)
|
نوع مطالعه: كاربردي |
موضوع مقاله:
عمومى
دریافت: 1387/6/3 | انتشار: 1386/11/26
|
|
|
|
|
|
|
| ارسال پیام به نویسنده مسئول |
|
|
|
| ارسال نظر درباره این مقاله |
|
|
|
