با توجه به تصمیمات گرفته شده جهت پذیرش مقالات در مجله کومش از نویسندگان مقاله هزینه دریافت می گردد. هزینه پذیرش مقالات از ابتدای سال 1402 در مجله کومش مبلغ 12.000.000ریال (یک میلیون و دویست هزار تومان) می باشد. که نویسنده مسئول می بایست جهت دریافت نامه پذیرش به حساب درآمد های دانشگاه واریز نمایند تا گواهی پذیرش مقاله صادر و مراحل بعدی انتشار مقاله انجام شود.
تبصره: این مصوبه شامل مقالاتی که نویسنده مسئول مقاله از همکاران دانشگاه علوم پزشکی سمنان باشد نمی شود.
سابقه و هدف: بهدلیل ایجاد حجم عظیمی از دادههای پروتئومیکی و نیاز به روشهای جدید تحلیل نتایج آزمایشگاهی، تحلیل جمعی پروتئینها میتواند علاوه بر صرف زمان کمتر ما را در شناسایی الگوهای جدید در مجموعه دادهها یاری کند. تحلیل خوشهای به عنوان یک روش آماری مطلوب، ابزاری است که میتواند در تحلیل اینگونه دادهها مورد استفاده قرار گیرد. هدف از این پژوهش ارزیابی کارایی روش خوشهبندی فازی در شناسایی الگوهای جدید در مجموعه پروتئینهای مرتبط با سرطانهای دستگاه گوارش بوده است. مواد و روش ها: در این پژوهش پروتئینهای شناسایی شده مرتبط با سرطانهای مری، معده و کلون مورد تحلیل خوشهبندی فازی قرار گرفتهاند. بر اساس هر یک از ابعاد هستیشناسی ژنی ( Gene Ontology ) شامل فرآیند بیولوژیکی، جایگاه سلولی و کارکرد مولکولی، به طور جداگانه روش خوشهبندی فازی اجرا گردید و نتایج حاصله با هم مقایسه شدند. یافته ها: پس از خوشهبندی فازی پروتئینها، مقدار شاخص غیر فازی بر اساس فرآیند بیولوژیکی، جایگاه سلولی و کارکرد ملکولی به ترتیب 41/0، 55/0 و 35/0 به دست آمد که مخصوصاً در مورد خوشهبندی بر اساس کارکرد ملکولی نشاندهنده مناسبت روش خوشهبندی فازی بوده است. با وجود چشمگیر نبودن عرض سایه نمای کل خوشهبندیهای حاصل، اکثر پروتئینها در هر خوشه دارای اشتراکات بیولوژیکی قابل توجه شدند. با بکارگیری نرمافزار Term Enrichment و تعیین عبارتهای غنی شده آماری در مجموعه کل دادهها و در خوشهها مشخص شد که روش خوشهبندی فازی به خوبی توانسته است الگوهای تفسیر جدیدی را در مجموعه دادهها آشکار سازد. نتیجه گیری: با بررسی نتایج حاصل از خوشهبندی فازی مشخص شد که این روش میتواند در جهت تحلیل بهتر و انعطافپذیرتر پروتئینها مورد استفاده قرار گیرد. روش خوشهبندی فازی، پروتئینهایی را که دارای تشابهات بیشتری بودهاند با احتمال بیشتری در کنار هم قرار داده است، لذا میتوان از این روش در حالتهایی که مشخصههای برخی از پروتئینها مجهول میباشد، استفاده نمود. همچنین مشخص شد پروتئینهایی که بر اساس تشابهات مولفه سلولی در کنار هم قرار میگیرند دارای تشابهات بیولوژیکی و عملکردی نیز هستند که این مساله باید مورد بررسیهای بیشتر قرار گیرد.
زرنگارنیا Y, علویمجد H, رضاییطاویرانی M, خیر N, خادممعبودی A A. Application of fuzzy clustering in analysis of included proteins in esophagus, stomach and colon cancers based on similarity of Gene Ontology annotation. Koomesh 1389; 12 (1) :14-21 URL: http://koomeshjournal.semums.ac.ir/article-1-955-fa.html
زرنگارنیا یلدا، علویمجد حمید، رضاییطاویرانی مصطفی، خیر نصیبه، خادممعبودی علیاکبر. کاربرد خوشهبندی فازی در تحلیل پروتئینهای مرتبط با سرطانهای مری، معده و کلون بر اساس تشابهات تفسیر هستیشناسی ژنی. كومش. 1389; 12 (1) :14-21