اکثر مکاتبات کومش از طریق ایمیل سایت می باشد. لطفا Spam ایمیل خود را نیز چک نمایید.
   [صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: ::
بخش‌های اصلی
صفحه اصلی::
اطلاعات نشریه::
آرشیو مجله و مقالات::
برای نویسندگان::
برای داوران::
ثبت نام و اشتراک::
کار آزمایی بالینی::
تماس با ما::
تسهیلات پایگاه::
::
هزینه چاپ مقاله در کومش
با توجه به تصمیمات گرفته شده جهت پذیرش مقالات در مجله کومش از نویسندگان مقاله هزینه دریافت می گردد. هزینه پذیرش مقالات از ابتدای سال 1402 در مجله کومش  مبلغ 12.000.000ریال (یک میلیون و دویست هزار تومان) می باشد. که نویسنده مسئول می بایست جهت دریافت نامه پذیرش به حساب درآمد های دانشگاه واریز نمایند تا گواهی پذیرش مقاله صادر و مراحل بعدی انتشار مقاله انجام شود.
تبصره: این مصوبه شامل مقالاتی که نویسنده مسئول مقاله از همکاران دانشگاه علوم پزشکی سمنان باشد نمی شود.
..
لیست داوران پیشنهادی
..
جستجو در پایگاه

جستجوی پیشرفته
..
دریافت اطلاعات پایگاه
نشانی پست الکترونیک خود را برای دریافت اطلاعات و اخبار پایگاه، در کادر زیر وارد کنید.
..
Google Scholar Metrics

Citation Indices from GS

AllSince 2019
Citations87144226
h-index3821
i10-index271120

..
:: جلد 12، شماره 1 - ( جلد 12، شماره 1 (پياپی 37)، پائيز 1389 1389 ) ::
جلد 12 شماره 1 صفحات 21-14 برگشت به فهرست نسخه ها
کاربرد خوشه‌بندی فازی در تحلیل پروتئین‌های مرتبط با سرطان‌های مری، معده و کلون بر اساس تشابهات تفسیر هستی‌شناسی ژنی
یلدا زرنگارنیا ، حمید علوی‌مجد ، مصطفی رضایی‌طاویرانی ، نصیبه خیر ، علی‌اکبر خادم‌معبودی
چکیده:   (18399 مشاهده)
  سابقه و هدف: به‌دلیل ایجاد حجم عظیمی از داده‌های پروتئومیکی و نیاز به روش‌های جدید تحلیل نتایج آزمایشگاهی، تحلیل جمعی پروتئین‌ها می‌تواند علاوه بر صرف زمان کم‌تر ما را در شناسایی الگوهای جدید در مجموعه داده‌ها یاری کند. تحلیل خوشه‌ای به عنوان یک روش آماری مطلوب، ابزاری است که می‌تواند در تحلیل این‌گونه داده‌ها مورد استفاده قرار گیرد. هدف از این پژوهش ارزیابی کارایی روش خوشه‌بندی فازی در شناسایی الگوهای جدید در مجموعه پروتئین‌های مرتبط با سرطان‌های دستگاه گوارش بوده است.   مواد و روش ‌ ها: در این پژوهش پروتئین‌های شناسایی شده مرتبط با سرطان‌های مری، معده و کلون مورد تحلیل خوشه‌بندی فازی قرار گرفته‌اند. بر اساس هر یک از ابعاد هستی‌شناسی ژنی ( Gene Ontology ) شامل فرآیند بیولوژیکی، جایگاه سلولی و کارکرد مولکولی، به طور جداگانه روش خوشه‌بندی فازی اجرا گردید و نتایج حاصله با هم مقایسه شدند.   یافته ‌ ها: پس از خوشه‌بندی فازی پروتئین‌ها، مقدار شاخص غیر فازی بر اساس فرآیند بیولوژیکی، جایگاه سلولی و کارکرد ملکولی به ترتیب 41/0، 55/0 و 35/0 به دست آمد که مخصوصاً در مورد خوشه‌بندی بر اساس کارکرد ملکولی نشان‌دهنده مناسبت روش خوشه‌بندی فازی بوده است. با وجود چشم‌گیر نبودن عرض سایه نمای کل خوشه‌بندی‌های حاصل، اکثر پروتئین‌ها در هر خوشه دارای اشتراکات بیولوژیکی قابل توجه شدند. با بکارگیری نرم‌افزار Term Enrichment و تعیین عبارت‌های غنی شده آماری در مجموعه کل داده‌ها و در خوشه‌ها مشخص شد که روش خوشه‌بندی فازی به خوبی توانسته است الگوهای تفسیر جدیدی را در مجموعه داده‌ها آشکار سازد.   نتیجه ‌ گیری: با بررسی نتایج حاصل از خوشه‌بندی فازی مشخص شد که این روش می‌تواند در جهت تحلیل بهتر و انعطاف‌پذیرتر پروتئین‌ها مورد استفاده قرار گیرد. روش خوشه‌بندی فازی، پروتئین‌هایی را که دارای تشابهات بیش‌تری بوده‌اند با احتمال بیش‌تری در کنار هم قرار داده است، لذا می‌توان از این روش در حالت‌هایی که مشخصه‌های برخی از پروتئین‌ها مجهول می‌باشد، استفاده نمود. هم‌چنین مشخص شد پروتئین‌هایی که بر اساس تشابهات مولفه سلولی در کنار هم قرار می‌گیرند دارای تشابهات بیولوژیکی و عمل‌کردی نیز هستند که این مساله باید مورد بررسی‌های بیش‌تر قرار گیرد.  
واژه‌های کلیدی: بیوانفورماتیک، تفسیر هستی‌شناسی ژنی، خوشه‌بندی فازی، سرطان دستگاه گوارش
متن کامل [PDF 312 kb]   (4024 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: عمومى
دریافت: 1389/6/15 | انتشار: 1389/6/24
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

CAPTCHA


XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

زرنگارنیا Y, علوی‌مجد H, رضایی‌طاویرانی M, خیر N, خادم‌معبودی A A. Application of fuzzy clustering in analysis of included proteins in esophagus, stomach and colon cancers based on similarity of Gene Ontology annotation. Koomesh 1389; 12 (1) :14-21
URL: http://koomeshjournal.semums.ac.ir/article-1-955-fa.html

زرنگارنیا یلدا، علوی‌مجد حمید، رضایی‌طاویرانی مصطفی، خیر نصیبه، خادم‌معبودی علی‌اکبر. کاربرد خوشه‌بندی فازی در تحلیل پروتئین‌های مرتبط با سرطان‌های مری، معده و کلون بر اساس تشابهات تفسیر هستی‌شناسی ژنی. كومش. 1389; 12 (1) :14-21

URL: http://koomeshjournal.semums.ac.ir/article-1-955-fa.html



بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.
جلد 12، شماره 1 - ( جلد 12، شماره 1 (پياپی 37)، پائيز 1389 1389 ) برگشت به فهرست نسخه ها
کومش Koomesh
Persian site map - English site map - Created in 0.06 seconds with 42 queries by YEKTAWEB 4645